事件发生后，对博物馆爆炸事件的处理以及随后发生的事件，使得因中美两国元首互访而呈上升趋势的两国关系骤然恶化,中国认为这是一次蓄意轰炸，可能是为了报复中国此前反对北约轰炸南斯拉夫，因此向美国提出强烈抗议,因此，前南斯拉夫被分成五个独立的国家,科索沃战争是由科索沃危机引发的，而科索沃危机的根源是南联盟的解体。
中国认为这是一次蓄意轰炸，可能是为了报复中国此前反对北约轰炸南斯拉夫，因此向美国提出强烈抗议。说明是北约误炸，因为用了一张过期的中情局地图，而中国大使馆距离北约轰炸的真正目标——南联盟军方总部只有180米，两栋建筑大小形状都很像。大赦国际支持北约的解释，同时谴责北约没有采取适当措施保护无辜民众的生命。事件发生后，对博物馆爆炸事件的处理以及随后发生的事件，使得因中美两国元首互访而呈上升趋势的两国关系骤然恶化。但到了1999年年底，双方关系逐渐恢复。北约对使馆爆炸事件中的受害者和受伤者进行了经济赔偿，并对中国驻南斯拉夫大使馆受损的馆舍进行了赔偿。中国政府也对抗议者损坏的美国馆舍进行了赔偿。
科索沃战争是由科索沃危机引发的，而科索沃危机的根源是南联盟的解体。作为东欧剧变的一个组成部分，1945年成立的南斯拉夫联盟共和国在1991年迅速解体。1991年6月25日，斯洛文尼亚和克罗地亚率先宣布脱离联邦独立；1991年10月15日和11月20日，波黑和马其顿宣布独立。1992年4月27日，塞尔维亚和黑山两个共和国宣布联合组建“南斯拉夫联邦共和国”。因此，前南斯拉夫被分成五个独立的国家。
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